Công ty TNHH Hưng Nghiệp Formosa đã đầu tư 5 hệ thống xử lý nước thải, đảm bảo thu gom, xử lý toàn bộ nước thải phát sinh từ các dự án trong phân khu Formosa. Tất cả các HTXL nước thải đều đã được cấp giấy phép xả nước thải vào nguồn nước, đồng thời đều đã lắp đặt Hệ thống quan trắc tự động, liên tục truyền dữ liệu quan trắc đến STNMT tỉnh Đồng Nai theo dõi, giám sát, cụ thể như sau

Để nâng cao mức độ an toàn, kiểm soát sự cố đối với nước thải, Công ty đã đầu tư xây dựng hệ thống hồ sinh học kiểm soát sự cố cho nước thải của Phân khu Formosa, tổng dung tích chứa của toàn bộ hệ thống hồ sinh học của phân khu Formosa là 141.288m3, đảm bảo thời gian lưu nước khi có sự cố.

Nguồn phát sinh khí thải từ hoạt động sản xuất của các nhà máy trong Công ty chủ yếu gồm hoạt động đốt than của 03 tổ máy phát điện công suất 450MW của Nhà máy nhiệt điện và 03 lò dầu tải nhiệt đốt than của nhà máy sợi Polyester. Khí thải phát sinh từ quá trình đốt đều thu gom đưa về các hệ thống xử lý khí thải tương ứng như Hệ thống khử NOx, thiết bị lọc bụi tính điện, hệ thống khử lưu huỳnh,… để xử lý. Đồng thời, Công ty cũng đã lắp đặt hệ thống quan trắc khí thải tự động, liên tục tại các ống khói (CEMS) để giám sát chất lượng khí thải xả thải phù hợp quy chuẩn quốc gia Việt Nam. Dữ liệu quan trắc từ các hệ thống xử lý khí thải đều được kết nối truyền đến Sở TNMT tỉnh Đồng Nai. Bên cạnh đó, để giảm thiểu lượng khí thải gây ô nhiễm không khí, Công ty đã sử dụng khí thấp áp (CNG) làm nhiên liệu đốt cho một số lò dầu tải nhiệt, lò hơi quá nhiệt, khí thải phát sinh có nồng độ ô nhiễm thấp hơn nhiều so với quy chuẩn Việt Nam.